La metagenomica shotgun permette ai ricercatori di analizzare tutti i geni presenti in ciascun organismo di un campione complesso. Questo metodo fornisce informazioni sulla presenza degli organismi e sui processi metabolici possibili nella comunità.
Offriamo analisi tassonomiche e caratterizzazione funzionale, come previsione genica e annotazione funzionale, che sono utili per comprendere le funzioni biologiche associate alla comunità e individuare nuovi geni.
I risultati di queste analisi possono essere confrontati con quelli ottenuti da altri metagenomi, consentendo di valutare la similarità tra le comunità, comprendere come la diversità della comunità vari in relazione alle variabili ambientali e individuare biomarcatori, ovvero taxa e funzioni in grado di stratificare comunità di diversi tipi.