Sequenziamento RNA
Il sequenziamento dell’RNA (RNA-Seq) è una tecnica che fornisce informazioni dettagliate sulla regolazione genica e sull’espressione genica in un dato momento e contesto biologico. Sta rivoluzionato lo studio del trascrittoma e rappresenta uno strumento altamente sensibile e accurato per misurare non solo l’espressione genica, ma consente ai ricercatori di rilevare caratteristiche sia note che nuove in un singolo test, consentendo l’identificazione di isoforme, fusioni geniche, varianti di singolo nucleotide.
Proponiamo varie soluzioni in base alle esigenze sperimentali:
TOTAL RNA
Per misurare l’abbondanza di geni e trascritti, rilevare caratteristiche note e nuove nell’RNA codificante e non codificante. L’utilizzo di sonde specifiche per la rimozione di rRNA citoplasmatico e mitocondriale umano, rRNA di topo, rRNA di ratto, rRNA di batteri Gram +/-, trascritti di beta globina umana, permette di ottenere informazioni specifiche sul trascrittoma, trascritti alternativi, fusioni genetiche ed espressione allele-specifica. Nelle nostre procedure standard inoltre prepariamo “librerie stranded di RNA”, cioè che mantengono le informazioni da quale filamento proviene il modello di mRNA originale, consentendo di determinare con precisione l’espressione genica da geni sovrapposti o di scoprire regolatori antisenso.
mRNA
Metodologia utilizzata per quantificare l’espressione genica, identificare isoforme note e nuove nel trascrittoma codificante, rilevare fusioni geniche e misurare l’espressione allele-specifica.
Utilizzando la cattura del poliA simao in grado di fornire un’eccezionale efficienza e uniformità di copertura per un rilevamento accurato e imparziale del trascrittoma codificante.
RNA target
Una soluzione utilizzata molto per tessuti di bassa qualità/degradati/FFPE, per analisi di trascrittomi e fusioni geniche, polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), varianti di trascrizione.
Low input RNA
Fanno parte del nostro portafoglio strumenti per la generazione efficiente di cDNA da input ultra-bassi a supporto della ricerca in aree precedentemente ostacolate dalla quantità.
Single cell RNA
RNA LONG READS
Possiamo effettuare l’analisi di RNA utilizzando la tecnologia NANOPORE long reads.
Con l’utilizzo di sequenze lunghe, i trascritti loro intera lunghezza, possono essere sequenziati end-to end facilitando la loro analisi accurata e inequivocabile. Possiamo effettuare il sequenziamento diretto dell’RNA che consente di sequenziare direttamente le molecole di RNA native, comprese le modifiche di base oppure utilizzare la metodica kit cDNA-PCR che è ideale per identificare e quantificare trascritti a lunghezza intera a livello di isoforma.