RRBSeq
L’RRBS è un’analisi della metilazione del DNA sull’intero genoma, che sequenzia solo un campione ridotto e rappresentativo dell’intero genoma, riducendo notevolmente I costi del sequenziamento. L’approccio RRBS prevede l’arricchimento del promotore e delle regioni insulari CpG mediante scissione enzimatica (Msp I), combinato con il sequenziamento del bisolfito permette di ottenere informazioni quantitative sulla metilazione del DNA a livello di genoma con risoluzione a base singola. Questo metodo consente l’identificazione più accurata della 5-metilcitosina (5mC) per NGS e l’interrogazione della 5-idrossimetilcitosina (5hmC), una base modificata che non viene analizzata mediante i tradizionali approcci di conversione del bisolfito.
WGBSeq
Il sequenziamento con bisolfito dell’intero genoma (WGBS) è un protocollo consolidato per rilevare le citosine metilate nel DNA genomico. In questo metodo, il DNA genomico viene trattato con bisolfito di sodio e quindi sequenziato, fornendo una risoluzione a base singola delle citosine metilate nel genoma. Dopo il trattamento con bisolfito, le citosine non metilate vengono deaminate in uracili che, dopo il sequenziamento, vengono convertiti in timidine. Allo stesso tempo, le citosine metilate resistono alla deaminazione e vengono lette come citosine. La posizione delle citosine metilate può quindi essere determinata confrontando sequenze trattate e non trattate.
La metilazione della citosina può modificare significativamente l’espressione genica temporale e spaziale e il rimodellamento della cromatina. Vantaggio di questo approccio è sicuramente la valutazione della metilazione praticamente in ogni citosina del genoma nella maggior parte delle specie.
