Il sequenziamento del 16S e dell’ITS rappresenta una delle principali applicazioni del sequenziamento di ampliconi in metagenomica.
Questo tipo di sequenziamento consente di ottenere informazioni dettagliate sulla diversità microbica in un dato distetto, identificare le specie presenti e valutare la loro abbondanza relativa. Il sequenziamento di ampliconi è particolarmente utile per le analisi di comunità microbiche in campioni complessi quali quelli biologici ma anche campioni ambientali quali suoli, acque etc.
Il gene 16S rRNA è specifico per batteri, mentre l’ITS (Internal Transcribed Spacer) è specifico per funghi. Entrambi sono regioni genetiche altamente variabili che possono essere amplificate da tecniche di PCR utilizzando specifici primers.
Dopo l’amplificazione, i prodotti PCR, noti come ampliconi, vengono sottoposti a sequenziamento next generation sequencing per per determinare la composizione genetica della comunità microbica presente nel campione. L’analisi bioinformatica generata a partire dal file FASTQ, esegue il clustering OTU e la classificazione a diversi livelli tassonomici: regno, phylum, classe, ordine, famiglia e genere o specie. Inoltre, vengono generate curve di rarefazione e vari indicatori.
