Bioinformatica
Genomix4Life fornisce una vasta gamma di servizi di bioinformatica:
Analisi dei dati di microarray
- Profilo di espressione genica
- Genome-wide e pannello di genotipizzazione personalizzato
- Profilo di metilazione del DNA
Sequenziamento di nuova generazione
Riassunta qui di seguito una lista delle informazioni fornite dalle varie analisi:
Sequenziamento di RNA e di piccoli RNA non codificanti
- Controlli di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Allineamento delle reads sul genoma di riferimento
per identificare gli RNA espressi (piccoli o lunghi RNA)
- Analisi di espressione differenziale con visualizzazione grafica dei risultati
- Identificazione degli mRNA bersaglio dei microRNA identificati mediante sequenziamento
Sequenziamento genoma intero, dell'esoma e ri-sequenziamento di regioni mirate
- Controllo di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Allineamento delle reads paired-end sul genoma di riferimento (file .BAM)
- Identificazione di SNVs (Single Nucleotide varianti) e piccole indels
(inserzioni e delezioni di basi) utilizzando strumenti "gold standard" (.Vcf )
- Filtraggio utilizzando database quali dbSNP e 1000Genomi
- Annotazione funzionale utilizzando ANNOVAR
- Visualizzazione grafica delle variazioni
ChIP-Seq
- Controlli di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Allineamento delle reads sul genoma di riferimento
- Identificazione dei siti di legame delle proteine al DNA
- Annotazione dei picchi a livello del genoma (picchi vicino al TSS, regioni esoniche
e regioni introniche, ecc )
- Analisi del Motif
Methyl- and BS- Sequencing
- Controlli di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Allineamento delle reads sul genoma di riferimento
- Quantificazione dei livelli di metilazione del DNA
- Identificazione delle regioni differenzialmente metilate
- Analisi GO (gene ontology), dei pathway, ecc.
- Generazione delle tracce di metilazione
Metagenomica
- Controlli di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Classificazione delle specie allineando le reads al database
- Analisi OUT in base alla distanza di clustering
- Analisi dell'abbondanza e diversità delle specie (o OTU)
- Analisi filogenetica
- Analisi comparativa tra più campioni
Sequenziamento RNA da singola cellula
- Controlli di qualità dei dati grezzi di sequenza
- Allineamento sul genoma di riferimento per identificare gli mRNA espressi
- Test statistico per l'espressione differenziale con visualizzazione grafica dei risultati
Storage dei dati
Genomix4Life S.r.l. utilizza l'High Performance Computing (HPC),
infrastruttura dell'Università degli Studi di Salerno per l'informatica
e lo storage in parallelo dei dati (Server Dell Power Edge 6220, Power Edge C410x,
sistema di storage basato su dischi di storage EqualLogic di Dell)
nonché dispone di risorse aggiuntive per la memorizzazione dei
dati di sequenziamento di nuova generazione.
Per ulteriori informazioni non esitate a contattarci all'indirizzo
